Родился 2 мая 1959 года.
На ликвидацию последствий аварии на Чернобыльской АЭС был призван и направлен в 1987 году РВК Казахстан.
Принимал участие в ЛПК на ЧАЭС с 25 января по 24 июня 1987 года в составе КСАВО. Работал по дезактивации школ, домов, помещений 3-го энергоблока, подстанций.
Получил дозу облучения 7,010 рентген, инвалид II группы.
За самоотверженный труд, связанный с риском для жизни и здоровья, Пруденко Сергей Евгеньевич неоднократно поощрялся благодарностями, награжден медаль ордена «За заслуги перед Отечеством» II степени.